آنالیز TEM یکی از روش های آنالیز ویژه در مشخص نمودن ساختار و مورفولوژی مواد محسوب می‌شود که مطالعات ریزساختاری مواد با قدرت تفکیک بالا و بزرگنمایی خیلی زیاد را امکان‌پذیر می‌سازد. علاوه بر این از این میکروسکوپ‌ها جهت مطالعات ساختارهای بلور، تقارن، جهت‌گیری و نقائص بلوری می‌توان استفاده نمود. این موارد سبب شده است که TEM امروزه به یک ابزار بسیار مهم در بسیاری از تحقیقات پیشرفته فیزیک، شیمی، بلورشناسی، علم مواد و زیست‌شناسی شناخته شود.
از نظر تاریخی به دلیل محدودیت قدرت تفکیک میکروسکوپ نوری که از طول موج نور مرئی ناشی می‌شود، میکروسکوپ‌های الکترونی ارائه شدند. بعدها مشخص شد که دلایل محکم دیگری نیز برای استفاده از الکترون‌ها وجود دارد که در قابلیت این نوع میکروسکوپ نهفته است و در میکروسکوپ‌های جدید، اغلب آنها مورد استفاده قرار می‌گیرند. در TEM الکترون ها توسط تفنگ الکترونی به سمت نمونه پرتاب می شوند و پس از عبور از نمونه تشکیل تصویر می دهند. به دلیل عبور الکترون ها از نمونه در حین تشکیل تصویر نام این میکروسکوپ، عبوری می باشد.
