آنالیز TEM یکی از پرکاربردترین خدمات آنالیز و شناسایی مواد شیمیایی می باشد. این آنالیز جز خانواده آنالیزهای میکروسکوپی می باشد و از لحاظ کاربردی بسیار شبیه به میکروسکوپ نوری می باشد با این تفاوت که به جای نور، الکترون ها به نمونه برخورد می کنند و از الکترون های عبوری تصویر تشکیل می شود. از آنجایی که برای تشکیل تصویر الکترون های زیادی می بایست از نمونه عبور کند، بنابراین ضخامت نمونه ها می بایست بسیار کم و در محدوده چند میکرومتر باشد. نازک کردن ضخامت نمونه ها با استفاده از روش های آماده سازی مخصوص مانند الکتروپولیش، جت پولیش و ... انجام می شود. استفاده از الکترون ها به جای نور باعث افزایش قدرت تفکیک و نمایش جزییات بیشتر در تصاویر می شود. از همین رو با استفاده از این میکروسکوپ می توان ذرات بسیار ریز نانو متری (زیر 10 نانومتر) را مشاهده کرد. تفاوت TEM با دیگر میکروسکوپ های الکترونی در این است که قدرت تفکیک و قدرت بزرگنمایی مناسب تری دارند و از این رو قیمت بالاتری دارند. با تنظیم و افزایش ولتاژ الکترون ها می توان طول موج الکترون ها را تنظیم کرد که منجر به تغییرات در قدرت تفکیک میکروسکوپ می شود.
